李應元早年生涯 
就讀國立台灣大學公共衛生系時就與黨外活動有所接觸,1980年赴美攻讀學位,並且於1981年取得美國哈佛大學醫管碩士;在美國期間與洪哲勝、郭倍宏等人相識,並且於1982年成立北美洲台灣學生社,並且在洪哲勝的介紹下加入台灣獨立建國聯盟而被國民黨政府列入黑名單而無法返國。
1988年李應元取得北卡羅來納大學醫療經濟學博士,並任教於美國南達科達大學;次年雖然得到國立台灣大學的聘書,但因此被列入黑名單而無法返國任教。而之後李應元等台灣獨立建國聯盟成員便以「闖關」「翻牆」等方式爭取返鄉權,1990年7月李應元潛返台灣,十四個月後才被逮捕,關押於土城看守所;由於後來刑法一百條的修正,主張台灣獨立者不再成為叛亂罪起訴的對象,李應元於1992年5月出獄。

刑法第 100 條修正前 (24-01-01):
意圖破壞國體、竊據國土,或以非法之方法變更國憲、顛覆政府,而著手實行者,處七年以上有期徒刑。首謀者,處無期徒刑。
預備或陰謀犯前項之罪者,處六月以上五年以下有期徒刑。

刑法第 100 條修正後 (81-05-16):
意圖破壞國體,竊據國土,或以非法之方法變更國憲,顛覆政府,而以強暴或脅迫著手實行者,處七年以上有期徒刑;首謀者,處無期徒刑。
預備犯前項之罪者,處六月以上五年以下有期徒刑。
 

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