獨任制機關：指由機關首長一人單獨決策並負責之行政機關。（中央機關之部、署、局、處；地方機關之XX政府、XX公所）
合議制機關：指決策階層由權限平等之成員所組成，通常以多數決方式作成決定，並同負責之行政機關。
不過，所謂的「委員會」，並非全然符合上述「合議制機關」。
委員會：
1、合議制委員會：委員之任用有黨籍之條件，或為專任或為經常集會，委員會之職掌或決議方式等事項組織法有明文規定，主要決策必須以合議方式行之。（如中選會、公平會等。）
2、獨任制委員會：委員人數定多，分佈全球，每一年僅開會一次，委員會議並無固定職掌。
3、混合制委員會：機關之職權部分以合議方式行之，部分歸首長單獨行使；其合議制之強弱，除受首長之領導風格影響外，委員是否由政府相關首長或專業人士所組成亦有關聯。（1）委員由相關首長組成，協調諮詢重於決策（偏獨任制），如勞委會。（2）委員由專業人士組成，具合議色彩（偏合議制），如原能會、退輔會。
機關名稱為委員會者共計20個，但是只有公平交易委員會確實屬於委員制。中央選舉委員會則同時兼有委員制與混合制精神，其餘委員會實際皆採首長制。至於中央銀行則為混合制之典型代表。單就機關名稱而言，部、署、局、處確為首長制機關，但是有委員會名稱者，絕大多數非為委員制組織。除了國家通訊傳播委員會外，採行合議制的機關有金融監督管理委員會、中央選舉委員會、公平交易委員會。首長制的部會有：僑委會、蒙藏委員會、八部。合議制的委員會有：公平交易委員會、中央選舉委員會、國家通訊傳播委員會、金融監督管理委員會。混合制的委員會有退輔會、勞委會、原子能委員會。
@ 所謂獨立機關必是合議制，但通說中中央銀行也被列入為獨立機關之一，但他運作起來是獨立制嗎？
答：中央銀行基本上運作起來仍然是有受到政治因素的干擾，不然我國行政院組織的缺失也不會有獨立機關的設計原理不彰的缺點存在，由此可知幾乎所有的獨立機關都有與政治領導間存有不適當的聯結與互動。 其他委員會並非除了獨立機關外都是首長制，因為不同的行政法教科書中皆有列舉出合議制、混合制的委員會，只是版本不同。
中央行政機關組織基準法§3：
1、獨立機關：依法獨立行使職權，自主運作，除法律另有規定外，不受其他機關指揮監督之合議制機關。（如中選會、保訓會、通傳會－即NCC、公民投票審議委員會）
2、附屬機關：指為處理技術性或專門性業務之需要，劃出部分權限及職掌，另成立隸屬之專責機關。（如國科會、原能會）
參考文獻：吳庚，行政法，頁197、200。
*** 相對於獨任制機關(又稱首長制機關)。指決策階層由權限平等之成員組成，通常以多數決方式決定並同負責任之行政機關。舉例：考試院以其成員任命方式及職權行使程序觀之，係屬典型之合議制機關。又中央政府組織中，屬合議制機關之委員會，其特徵包括委員之任用有黨籍之條件、或為專任或經常集會、委員會之職掌或決議方式等事項組織法有明文規定、主要決策須以合議方式行之，例如行政院中央選舉委員會、公平交易委員會。
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